I mesi meno consigliati sono novembre, dicembre e marzo, a causa di un clima spesso grigio, umido e caratterizzato da piogge frequenti che rendono difficili le escursioni naturalistiche. In particolare, tra dicembre e gennaio, le città situate nelle valli, come la capitale Skopje, possono soffrire di un forte ristagno di nebbia e smog che riduce la visibilità e rende l'aria meno salubre. Se non amate il caldo torrido, evitate il pieno dell'estate (luglio e agosto) nelle pianure centrali e a Skopje, dove le temperature possono superare agevolmente i 35-40°C, rendendo faticose le visite culturali durante le ore diurne.