Temperato nella zona centrale con una media che va da 21 a 23 gradi, mentre il clima è più caldo e umido nelle zone costiere. Si riscontrano temperature più elevate sul versante pacifico con una media di 28 gradi.
La stagione piovosa va da maggio a novembre (sul versante caraibico da ottobre a gennaio), mentre quella secca va da dicembre ad aprile. Durante la stagione delle piogge, il Paese è colpito da forti temporali e, talvolta, anche da uragani che provocano frequentemente alluvioni e straripamento di fiumi e smottamenti sulle strade. Questi fenomeni naturali potrebbero rendere inagibili, anche per lunghi periodi, strade e ponti specie sulle coste, con conseguente isolamento e disagio per abitanti e turisti.