Il clima è tendenzialmente temperato, con una notevole varietà di temperature stagionali e condizioni climatiche dal Nord (Hokkaido) che presenta inverni lunghi e rigidi ed estati brevi e temperate, fino al Sud (arcipelago di Okinawa), con un clima subtropicale. Tutto il Paese è interessato, in particolare durante i due periodi dell’anno ad elevata piovosità (da fine maggio a luglio e da settembre a ottobre) da possibili tifoni provenienti dal Pacifico, che possono portare ingenti danni e disagi alla popolazione e ai visitatori. Negli ultimi anni il periodo da fine giugno a inizio settembre è generalmente caratterizzato da un caldo molto intenso, in particolare nelle aree urbane di Tokyo e Osaka-Kobe-Kyoto, con picchi di temperature oltre i 40 gradi.